通常正确食用大豆肽粉并无副作用，但若过量或空腹吃大豆肽粉，则可能就会引起消化不良，进而导致腹胀、腹泻等症状出现。
大豆肽粉属于一种保健品，主要原料为大豆肽，在食用时，需要使用温水冲服，在进入体内后，会被小肠吸收，进而补充相应的营养物质。正常人群在适量吃大豆肽粉的前提下，通常不会出现明显副作用。而若大量吃大豆肽粉，可能就会使胃肠道内的氨基酸等成分较多，进而刺激胃肠道黏膜，引起消化不良，出现腹胀、恶心等不适症状。
此外，若空腹食用大豆肽粉或没有使用温水冲服，那么就可能会导致其进入胃肠道内后，形成无法被充分消化的团块，进而造成消化不良。还需要注意的是，由于大豆肽粉成分较为单一，人们在日常食用时，还可搭配其他食物同食，如鸡蛋、瘦肉、西瓜、香蕉、芹菜等，以避免营养不均衡的情况出现。
若自身对于大豆肽粉过敏，则建议避免食用。若不慎食用并且还出现了皮肤瘙痒的情况，建议前往医院皮肤科就诊，遵医嘱使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物进行治疗。
